Die Alpen-Initiative hat zum Güterverkehrsverlagerungsgesetz ausführlich Stellung genommen. Sie beharrt auf einer Reduktion des alpenquerenden LKW-Verkehrs auf 650’000 Fahrten bis zum Jahr 2009. Die nötigen Massnahmen, allen voran die Alpentransitbörse, sind vom Bundesrat auf dem Verordnungsweg zu beschliessen. Für den Ausbau der Bahninfrastruktur sind die nötigen finanziellen Mittel bereitzustellen.
Die Alpen-Initiative kann sich mit keiner der vom Bundesrat in die Vernehmlassung geschickten Varianten der Verlagerungspolitik einverstanden erklären, weil sie alle den Volksauftrag im Alpenschutzartikel nicht ernst nehmen. Der Bundesrat hat seit 12 Jahren Auftrag und Kompetenz, die Verlagerungsmassnahmen zu treffen. Das Parlament muss nur die Ausnahmen beschliessen, was es mit der Definition des Verlagerungsziels schon 1999 getan hat. Wenn der Bundesrat nicht bereit ist, diesen Weg zu gehen, dann hat das Volk das Anrecht, über eine Anpassung des Verlagerungsauftrags in einer Verfassungsabstimmung zu befinden. Andernfalls wird die direkte Demokratie zur Farce und die Bundesverfassung zur Makulatur. Die Alpen-Initiative erwägt eine Aufsichtsbeschwerde, falls der Bundesrat weiterhin untätig bleibt. Nach Meinung der Urheber des Alpenschutzartikels gibt es keinen sachlichen Grund, die Verlagerung an die Fertigstellung des Gotthard-Basistunnels zu binden. Der Produktivitätseffekt der NEAT und damit ihre Verlagerungswirkung ist bezogen auf die lange Laufstrecke der alpenquerenden Güterzüge zwar eine Hilfe, aber – insbesondere bei Einführung einer Alpentransitbörse – nicht entscheidend. Die Reduktion der Produktionskosten bewegt sich im einstelligen Prozentbereich. Selbst die Durchsetzung der geltenden Vorschriften im Strassentransport hätte mehr Verlagerungswirkung. Vorläufig reichen mit Eröffnung der NEAT am Lötschberg die Schienenkapazitäten auf den Nord-Südachsen für die Verlagerung aus. Die mittelfristig zu erwartenden Engpässe im Schienennetz liegen ausserhalb des NEAT-Perimeters auf den Zulaufstrecken. Damit diese rechtzeitig ausgebaut werden können, sind finanzielle Mittel bereit zu stellen. Die im laufenden Zahlungsrahmen für den Eisenbahngüterverkehr nicht beanspruchten Mittel müssen diesem Zwecke zur Verfügung gestellt werden können, und auch der geplante neue Zahlungsrahmen soll eine solche Geldverwendung zulassen.